para lo del boton que salga abajo has asi:
if ($vacio == false) echo "<tr><td><p align=center><input cancion type=submit value=Borrar Cancion ></p></td></tr>";
y para lo de ajustar el alto de la tabla.... no se por que te sale alto ni como sale... pero puedes quitarles los divs y p a las filas para disminuir la separacion...... asi:
$vacio = false;
($i%2==0)?$color="787878":$color="984516";
}
//aki muestro el elemento alineado a la izquierda y la casilla de verificacion alineada a la derecha
echo "<tr><td bgcolor='#$color' align="left">$elemento<span style='align:right'><input type='checkbox' name='archivo[]' value='".urlencode($elemento)."\'></span></td></tr>";
$i++;
Suerte.