El caso de este error es que segun he aberiguado es que para que esas funciones eliminen un directorio este debe estar vacio, pero que pasa mucha veces vaciamos el directorio de forma manual y nos seguira tirando este error, pues aunque no lo creemos el sistema tiene en dicho directorio 2 carpetas mas (.) y (..) por eso te seguira tirando ese error.
Warning: rmdir(..) [function.rmdir]: Directory not empty in C:\AppServ\www\escuela\reditarcat.php on line 13
Recuerda darle permisos 0777 a todos los directorios ya sean (.) y (..)Y eliminarlos desde php, por que desde ftp lo mas probables que no se pueda.
Busca mas info en
www.php.net http://www.php.net/rmdir