Detener Script hasta que se diga lo contrario

[SoutlinK]

con detener el script me refiero a que, no se siga ejecutando el codigo mas allá de esa linea.

Es decir, que espere un evento del usuario.

Por ejemplo. En javascript si usas alert, el script se detiene hasta que pulsas el boton de aceptar. Pues yo necesito exactamente eso, pero sin el boton el alert.