Por una cuestión de seguridad y de integridad dentro de la base te conviene poner todas las tablas como InnoDB, así como también la base misma, y las COLLATION de cada tabla.
Esto último es para evitar conflictos con las tablas de caracteres que reconozca cada una.
Una solución práctica en este sentido es que descargues e instales el MySQL GUI Tools, que te trae tanto al MySQL Administrator como al MySQL Query Browser. Son muy buenas herrameintas para administrar y gestionar las bases de MySQL, especialmente porque son nativas de él.
Las puedes descargar en la página oficial (
www.mysql.com).