Algunas dudas...

[nicolaspar]

Mis opiniones:

1- Nunca es suficiente, pero cada sistema es un mundo aparte. Pensá que si tu lógica es publicar comentarios directamente tal vez no te rompan la db pero si te hagan un ataque XSS o solo publiquen contenido con léxico que no querrás leer o con SPAM que no favorece a tu contenido. Lo mejor es tratar bien los datos y de ser necesario tener varios usuarios para la db con permisos sobre diferentes tablas/acciones.

2- Personalmente soy de usar HTML con el mínimo PHP entre los HTML TAGS con también simples includes y esas cosas básicas (unarchivo.php). He probado web modulares, framewroks, pero ninguno es tan práctico para mi o los sistemas que suelo hacer como usar un simple include.
De todas maneras hay muchas maneras de usar templates, si bien uso en su mayoría lo que te estoy contando, cada sistema amerita su previo estudio para definir que es mejor usar.

3- Son cosas distintas, lo importantes es que nunca guardes datos importantes en ninguna de las dos y que no abuses de ellas.

Si queres profundizar más en algún tema solo pregunta...no quiero hacerlo muy largo sin fundamentos.