No sé como estás armando el where, pero en el ejemplo que das debería quedarte algo como:
Código sql:
Ver originalSELECT
*
FROM
tuTbl
WHERE
(
nombre LIKE '%juan%'
AND
nombre LIKE '%perez%'
)
Eso si comprendí bien tu necesidad. Para conseguirlo parsea tu string con un explode por el espacio y dentro de un for vas armando tu condicional.
Saludos.