Mire, vamos paso a paso ok.
1. Deja todos tus archivos html, swf y saca también los .js de la carpeta scripts y déjalos juntos en el mismo folder.
2. Fijate en tus archivos html, en la parte donde viene la linea que llama al .js, algo así:
Código HTML:
<script src="Scripts/AC_RunActiveContent.js" type="text/javascript"></script>
y borrale la primera parte dejandolo así:
Código HTML:
<script src="AC_RunActiveContent.js" type="text/javascript"></script>
Aunque deberia trabajar bien dentro del folder, mejor así.
3. Vuelve a subir los html y prueba.
suerte