Técnicamente, yo pienso que sí, ya que de la primera forma el servidor tiene que procesar línea por línea (aunque lo haga en muy poco tiempo), mientras que de la segunda forma solo procesa lo que está entre <% y %>. Personalmente, veo mucho más ventajoso la segunda, tendrás menos problemas con las comillas... y un largo etc..
No te preocupes, con un poco de práctica, poco a poco sacas esa costumbre
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