en si seria algo asi.... aunque lo he hecho apurado.... luego te podria proporcionar mas detales e implementaciones como con ajax...
"<a href=$enlace class='menu' target='caja' onClick=document.location='elimina.php?id=$archivo '>$archivo<br></a>";
y en elimina.php
$dir = "../fotos_subidas/";
unlink($dir.$_REQUEST[id]);
suerte.