Ok, mira, en primer lugar el dichoso DIV cuyo id es "idDiv" no debe estar en el iframe, en ese código, sino en parent, o sea, donde imprimes el select que deseas modificar (o yo me explico muy mal o tú me entiendes peor). Además he visto un error en el código que te di, a parte de modificaciones que deberían hacerse, aunque no son absolutamente necesarias, como ponele comillas al array con que el se obtiene los valores de los campos. Quedaría así:
Código php:
Ver original<?php
$cnt = "<select name=\"dominio\" style=\"width: 350px;\" onchange=\"document.admgps.submit();\">";
$sql = mysql_query("SELECT * FROM api_google ORDER BY dominio ASC"); {
$cnt = "<option value=\"" . $aso['id'] . "\">" . $aso['dominio'] . "</option>";
}
$cnt = "</select>";
echo "<script language=\"JavaScript\">";
echo "window.parent.window.document.getElementById('idDiv').innerHTML = \"$cnt\";";
echo "</script>";
?>
Espero que ahora si me hayas entendido bien y que resulte.