Mira, para hacer lo que pides podrías construir una función javascript que actulice el select, más o menos de este modo (suponiendo que estás trabajando con PHP).
Código PHP:
<?php
$cnt = "<select>";
$sql = "SELECT ...";
$rst = mysql_query($sql);
while ($aso = mysql_fetch_assoc($rst)) {
$campo = $aso["campo"];
$cnt .= "<option value=\"$campo\">$campo</option>";
}
$cnt .= "</select>";
echo "<script language="JavaScript">";
echo "cDiv = window.parent.window.document.getElementById('idDiv').innerHTML = \"$cnt\";";
echo "</script>";
?>
Se supone que idDiv es el ID del DIV en el que está contenido el select y solo el select. Bueno, esta función hace que cada vez que se recargue el Iframe se ejecute esta función que mediante una consulta obtiene todos los valores que deben ir en el select, ese select con estos valores se reemplazan en el DIV que contiene al select, acuerdate que en este DIV solo debe estar contenida el select. Espero que te sirva.