Asi de arranque se me ocurre, que puedes hacer lo siguiente:
Código PHP:
//SACAS EL VALOR MAS ALTO DE LA FACTURA DEL AÑO ACTUAL
$query="SELECT MAX(numero_factura) WHERE year='".date('Y')."'";
$r=mysql_query($query);
$d=mysql_fetch_row($r);
/*SI NO ENCONTRÓ ALGUNA FACTURA DEVOLVERÁ NULL, Y DE SER ASI, SIGNIFICA QUE ES LA PRIMER FACTURA DE ESE AÑO, EN CASO CONTRARIO, PUES SOLO INCREMENTAMOS EN 1 EL VALOR*/
if($d[0]==NULL)
$next=1;
elseif($d[0]>0)
$next=$d[0]+1;