Te envío la siguiente propuesta:
Código:
for (i=1; i<=n;i++){
for (j=1;j<=i;j++){
cout<<j<<","; // ó scanf en tu caso
}
}
Te queda la serie 1,1,2,1,2,3,1,2,3,4....n como debería ser.
Si no deseas repetir el primer 1, puedes cambiar el inicio del indice correspondiente.