Ya pude solucionar el problema, con esto hago que los scripts sin extencion logren funcionar como php 5 y no como php 4.
Código PHP:
<Files ~ "^[^\.]+$">
ForceType php5-cgi
</FILES>
Muchas Gracias a todos por leer mi post, tomarse el tiempo para ayudarme y dejo la solucion por si a alguien mas le ocurre.
Gracias