Asigna al evento onclick del lugar donde quieres abrir el popup y usas window.open() para abrirlo, obtiene la referencia, y luego asigna un temporizador setTimeout() que lo cierre nuevamente. Algo como esto:
Código javascript
:
Ver originalventana = window.open("pagina.html", "popup", "height=300, width=300");
setTimeout("ventana.close()", 5000); /* Cerrará la ventana en 5 seg. */