No necesitas javascript, tu al pasar el array de checkboxes automaticamente el explorador te va a enviar solo las que el usuario selecciono, aquellas que no estan seleccionadas no se envian como parte del arreglo, para ver las opciones puedes hacer algo asi:
Código php:
Ver originalforeach($_POST['opciones'] as $opcion ) {
echo $opcion;
}
Saludos.