Es muy mala idea bajar los programas directamente de las páginas. Las razones son varias:
* Pierdes todo el proceso de pruebas y correcciones menores que lleva a cabo tu distribución.
* Desordenas tu sistema, ya que en muchos casos tu gestor de paquetes no reconocerá esos programas como instalados.
* Puedes provocar conflictos entre distintas versiones no compatibles.
Ten en cuenta que la mayoría de las distribuciones no actualizarán el software incluido a una serie mayor; por ejemplo, Fedora 9 se lanzó con OpenOffice.org 2.X.Y y sólo proveerá actualizaciones que no impliquen un cambio mayor (no habrá 3.X.Y hasta que aparezca Fedora 10). Obviamente, esto se hace para no provocar inestabilidad al mezclar distintas series de software.
PD. ¿Realmente necesitas tener siempre la última versión de todo? A esa enfermedad se le suele llamar
"versionitis" 
.