Recuerda que al activar el mod_rewrite debes colocar el tag de ruta dinámica en hojas de estilos y scripts que estés utilizando.
Código:
<link rel="stylesheet" href="<?php echo get_settings('home'); ?>/wp-content/tu_emplate/css/estilos.css" type="text/css" media="screen" />
.
Es lógico que la web no te reconozca la ubicación de tu archivo CSS porque -al habilitar los permalinks- el navegador "entiende" que se encuentra en subdirectorios y por lo tanto perderá la ruta de tus hojas de estilos.