Linux tiende a ser más económico y seguro, por lo que Windows solo debería ser usado cuando se crean páginas especiales para este, como ASP, SQLServer o similares. Si no tienes nada de esto, lo más recomendable es que uses uno de Linux.
Solo te advierto que Linux a diferencia de Windows, reconoce la diferencia entre mayusculas y minúsculas, por lo que ten cuidado con los nombres de los archivos y que todo haya sido maquetado en minúsculas. Suerte
