Muchísimas gracias David, lo pude solucionar haciendo una combinación de tus dos recomendaciones. Me quedó algo así:
a = a + ' <div id="header-banner">';
a = a + " <script type='text/javascript' src='http://srvadsnew.argentina.com/adx.js'></script>";
a = a + " <script type='text/javascript' src='http://clima3.argentina.com/localidades.js'></script>";
document.write (a);
<?php
include 'http://srvadsnew.argentina.com/adjs.php?n='.rand(111111111,999999999).'&what=zone :2&exclude=,';
?>
a = ' </div>';
document.write (a);
De todas formas, para algunos banners (los de Google) me sigue pasando lo mismo de antes... pero lo solucioné eliminándolos directamente
Saludos!