Por lo que estuve leyedo por ahi este error se debe a que tienes que tener en ambas tablas indices de los campos que son relaciones, de todas maneras yo ya lo he hecho y no puedo conseguir solucionar el problema.
Esa es la unica solucion clara que observe.
Despues vi que comentan sobre la opcion de guardar las tablas InnoDB en memoria o en el disco, la verdad es que no entendi bien... esa no la pude probar.
Vi otras personas que decian que era debido a que habia una especie de bug, donde si la tabla venia con el mismo nombre o era anteriormente una tabla MyISAM ocurria este problema, y lo que hicieron fue crear una tabla de cero ya siendo InnoDB, ... tampoco me funciono.
Por ultimo, vi alguien que decia que se debia a que cuando te conectabas con un esquema por default te generaba ese problema, debia conectarse sin un esquema por default y agregar el esquema en el script del sql, ... tampoco me funciono.
y por ultimo dejo un link, donde hay al final un par de link que llevan a otros lados que hablan del tema....
http://www.faqts.com/knowledge_base/view.phtml/aid/36443/fid/183
asi `que por favor, si encuentran la solucion digan que es!!.
Saludoss