El código quedó asi:
//se recibe el nombre de usuario
$usuario = $_POST['usuario'];
//Se toman las dos 1eras letras del nombre
$clave = substr($usuario, 0, 2);
//Generamos el número aleatorio:
$num = rand(10000, 99999);
//Se concatenan:
$clave .= $num;
//Se inserta en la tabla
mysql_query("INSERT INTO $tabla (id_usuario) " .
"VALUES ('$clave')") or die(mysql_error());
Y listo
