Yo creo que lo que pasa es que tienes un pollo de mil demonios con las comillas.
Prueba a ponerlo en líneas diferentes, separando cada parte que concatenas, para comprobar con más facilidad que todas las cadenas están correctas. Algo del estilo de:
Código PHP:
<script language="javascript">
<!--
document.write ( <?php
echo
"<a href = \"javascript:popupWindow1("
. tep_href_link( "patata.php" )
. " onmouseover = \"Tip( 'Me gustan saladas' )\" "
. ", BALLOON, true, ABOVE, true)\" onmouseout = \"UnTip()\" >"
. tep_image_button( "button_patata.gif" )
. "</a>";
?> );
//-->
</script>
(ojo, que no lo he revisado y seguro que hay errores, es sólo para que pilles la idea)
Un saludo.