Hola,
Creo que ya se tu problema. En el manual en la funcion
fgets() comenta que en el string que devuelve incluye el aracter de salto de linea. Con lo cual las dos cadenas no son iguales, ya que la que lees del fichero tiene ese caracter de mas. Para eliminar ese caracter y otros usa la funcion
trim().
Por cierto, si en el fichero los campos estan separados por saltos de linea, quizas te seria mas facil leer el fichero con la funcion
file().
Espero haber sido de ayuda.