Hola
Si tienes un panel, desde ahí puedes gestionar todo, no se cual sea el motivo por el cual tu aplicación web te pida eso. Pero si deseas ingresar a esa área tienes que hacerlo mediante el shell de comandos (la mayoría de los Host lo permiten) puedes hacerlo usando un soft como por ejemplo el putty (
http://putty.softonic.com/) el cual te permite conectarte a tu servidor via interfaz de comandos.
Saludos!