Es que tal como lo estás colocando, resulta en algo como esto:
Código PHP:
<script>
eval("url[0]='bla';
url[1]='gg';
")
</script>
Lo cual te genera un error por los saltos de línea y por no declarar el array previamente.
Otra cosa sería si usaras una salida como esta para evaluar:
Código PHP:
<script>
eval("url=[];url[0]='bla';url[1]='gg';")
alert(url[1])
</script>