creoque si llamas al final del documento a la función borra_clave debería funcionar
   Código PHP:
    
<h3>Comentario:</h3>
<form name="comenta" action="envia.php" method="post">
<p>
    <textarea name="mensaje" cols="40" rows="5"></textarea><br /><br />
    Teclea:
    <?php
        $comb = "";
        $nn = range( 1,5 );
        shuffle( $nn ); //Permutación para clave mostrada
        
        for( $i=0; $i<3; $i++ ) $comb .= $nn[$i];
        echo " <b>$comb</b><br /><br />"; 
        
        shuffle( $nn ); //Permutación para los botones
        foreach ( $nn as $bn )
            echo 
            "<input type='button' name='btn' value='$bn' 
            style='width:2em;' onclick='coloca_numero($bn)'>";
    ?>
    
    <input type="text" name="clave" readonly="readonly" size="3" value="">
    <input type="button" name="otravez" value="Borrar" onclick="borra_clave()"><br /><br />
    <input type="submit" name="palante" disabled="disabled" value="Enviar" />
</p>
</form>
<script type="text/javascript">
function borra_clave()
{
    document.comenta.clave.value = "";
    document.comenta.palante.disabled = true;
}
function coloca_numero( valor )
{
    var aux1 = document.comenta.clave.value;
    if (  aux1.length < 3 )
    {
        var aux2 = aux1 + valor;
        document.comenta.clave.value = aux2;
    }
    if ( document.comenta.clave.value == <?php echo $comb ?> )
        document.comenta.palante.disabled = false;
    else
        document.comenta.palante.disabled = true;
}
borra_clave();
</script>   
  Saludos


