Carga del servidor

[sysdebian]

Buenas.
El top que has puesto, saca procesos ordenados por consumo de cpu.
Quiza sea mas interesante, una vez lo estes ejecuntado presionar "M", para que te los muestre por uso de memoria.
Tambien puedes hacer un "free" en el momento que este cargado y ver que saca.
Y sobre todo, el comando que mas te ayudará el sar de las syssstat. Hay un campo en los virtuales que es "steal". Sino tienes problemas de memoria, ni cpu, pero el campo steal lo tienes alto, es que estas sufriendo el consumo de otro/os usuarios de ese vps.
Revisa logs de apache, de sistema y mira el numero de procesos de apache.
Veo que tienes tambien qmail, con spamassassin ? antivirus ? esto tambien te podría consumir.