Perdón por el monólogo pero finalmente encontré el problema y lo posteo por si mi comedura de tarro le sirve a alguien...
Sencillamente Internet explorer pide obligatoriamente una id del objeto, incluso si este no sale a internet. Como resultado al embeber el objeto flash en el .html es necesário que esté presente (con mismo nombre que el .swf para asegurarse).
Al final resultó ser tan fácil como eso...
ejemplo:
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,0,0" name="URL" width="550" height="150" align="middle"
id="URL" title="conocer url">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="allowFullScreen" value="false" />
<param name="movie" value="URL.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#ffffff" />
<embed src="URL.swf" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="550" height="150" name="URL" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" allowFullScreen="false" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
s2