Estás confundiendo cosas. CPanel es una plataforma de administración destinada a los proveedores de hosting. Es justamente tu panel de administración del hosting. No tiene nada que ver con tus scripts.
PHPMailer es una librería (mejor llamarla clase) hecha en PHP. En otras palabras, es un simple script PHP, el cuál tiene como finalidad enviar correos electrónicos.
PHP cuenta con la función mail() para enviar correos desde el propio servidor, pero hay que considerar que el servidor debe tener instalado un servidor SMTP para correo saliente, y este debe estar habilitado (La mayoria de los hostings gratuitos no ofrecen tal servicio por el problema del spam).
Gracias a PHPMailer es posible conectarse a un servidor SMTP externo, como un servidor de correo, y enviar a través de él los mensajes. Pero para esto se requiere que el servidor permita la apertura de sockets (
http://www.php.net/sockets), lo cual también es poco probable que puedas usar si tienes un hosting gratuito.
Aparte de esas dos formas, PHPMailer permite usar otros métodos para el envío de correos, uno de ellos es a través de SendMail. No recuerdo los otros.
Por todo eso es mejor verificar que efectivamente el script nos va a servir una vez lo publiquemos.
Para usarlo hay bastantes manuales en Internet. Busca un poco en google:
phpmailer
Saludos,
