todo depende de tu apache si en el httpd.conf que es el archivo de configuración de tu servidor web esta escrito que lo primero que tomara es html y luego php pues cuando haga
www.tusitio.com/
me traera tu index.html si luego viene el .php este claro funcionara en el caso que quites el .html
pero si quieres por ejemplo en tu index.html poner un flash introductorio y al ingresar valla al index.php no hay ningun problema :)
ahora si quieres que tu sitio parta con el index.php deberas quitar tu index.html ahora si no quieres perder lo que tienes en tu index.html ya sea por X motivos pues por FTP cambiele nombre a index2.html por ejemplo y ya...
saludos...