Mejor imprime la coma al comienzo, y por medio de una "bandera" evitas que se imprima en el primer ciclo:
Código php:
Ver originalnew Array(
<?
$bandera = false;
$sqlDos=mysql_query("select * from nw_ProductosSubCat"); {
if($bandera == true) echo ',';
else $bandera = true;
?>
new Array("<? echo $rsDos["Nombre"] ; ?>", <? echo $rsDos["idCategoria"] ; ?>)
<?
}
?>),
Saludos,