Hola ryu24,
De acuerdo a lo que queres hacer, fijate en mi sitio:
http://webs.uolsinectis.com.ar/fedemore/
yo utilizo esta técnica:
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function popupPage(l, t, w, h) {
w = screen.width
h = w * 0.50 // relacion alto / ancho
l = 1 // ubicacion horizontal
t = 80 // ubicacion vertical
var windowprops = "location=no,scrollbars=no,menubars=no,toolbars=no ,resizable=no" +
",left=" + l + ",top=" + t + ",width=" + w + ",height=" + h;
var URL = "base.html";
popup = window.open(URL,"MenuPopup",windowprops);
}
</script>
Es importante la linea h = w * 0.50 donde debes poner la relación entre el alto y el ancho de tu movie.
En el otro html, el de la ventana popup embebes la pelicula porcentualmente (100%)
Espero que te ayude en tu problema.
Saludos.