Desde phpMyAdmin puedes comprobar y modificar el "cotejamiento" de bases y tablas, y en tus documentos Html (los que crees "a pelo" o generes con PHP) deberías asegurar que usas el mismo charset que el definido en el cotejamiento de la BB.DD. por ejemplo colocando un tag META dentro de la sección HEAD del documento. Algo como:
Código:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
por poner un ejemplo.
Un saludo.