Problema con Java y HSQLDB

[diego11]

Hola a todos, vereis, he hecho una aplicacion que consiste en una base de datos de articulos científicos, antes la tenia hecha con mysql, pero mi intencion era no tener que instalar nada a mayores de la apliacion, ningun servidor de bases de datos ni nada, y por eso la he vuelto a hacer con HSQLDB, ya la he terminado y funciona, el problema es que solo funciona cuando la ejecuto desde NetBeans, si pruebo a ejecutarla haciendo click en el .jar de la aplicación aparece la ventana principal pero no funciona nada...
¿Que puedo hacer?

Muchas gracias a todos.