Me extraña bastante que te funcione, porque es un asunto exclusivo de los navegadores de Microsoft (Internet Explorer).
Si te ha parecido que en FF te ha funcionado es porque FF ha ignorado el comentario, y ha ejecutado lo que había en tu hoja de estilo.
Prueba esto:
Cita: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<title></title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<style type="text/css">
a {color: black;}
</style>
<!--[if FF]><style>a {color: red;}</style><![endif]-->
<!--[if Opera]><style>a {color: red;}</style><![endif]-->
<!--[if IE]><style>a {color: red;}</style><![endif]-->
</head>
<body>
<a href="#">Enlace</a>
</body>
</html>
Y mira a ver de que color ves el texto del enlace en FF, IE y Opera.
FF: negro, IE: rojo, Opera: negro.
Aparte de que tienes mal escritos los comentarios condicinales, porque te falta un signo de admiración:
<[end if]-->
debe ser
<![endif]-->
Lo aclaro para no confundir a la gente.