Tienes razon GreenEyed, se me paso eso, de que Hibernate valida los mapeos. Y al igual que tu, nunca he sabido de alguien que lo utilize ni tampoco lo utilizo yo, pero por algo ha de estar.
Y es cierto que existe una forma de crear la base a partir de los mapeos de las tablas, solo tienes que agregar la siguiente linea en el archivo hibernate.cfg.xml
<property name="hbm2ddl.auto">create</property>
Esta linea va antes de que declares los mapeos.
Y tiene los siguientes parametros: validate, update, create, create-drop
Ten en cuenta que si existen datos en tus tablas se borraran y se crearan de nuevo.
saludos!