Si lo han desabilitado, a nivel de configuración general, tu no podrás hacer nada.
Ahora bien, si lo hubieran desabilitado, no deberia de afectar nada, ni aunque hayas puesto mal la sintaxis y el error 500 significa:
Cita: The server encountered an unexpected condition which prevented it from fulfilling the request.
Si eso te aparece al poner/quitar el .htaccess yo diría que si que está habilitado y que tienes algo mal puesto.