De momento lo he apañado con esto:
Código HTML:
if(navigator.appName == "Microsoft Internet Explorer")
{
document.getElementById(id).style.width = (screen.width-20)+"px";
document.getElementById(id).style.height = (screen.height-200)+"px";
}
else
{
document.getElementById(id).style.height = "100%";
document.getElementById(id).style.width = "100%";
}
Y algo ha mejorado.
Teniendo en el Body width y height al 100%, sigue sin funcionarme, mientras que, como comente antes, en una pagina nueva, he probado y funciona bien, por lo que creo que hay algun problema en la mezcla de tanto codigo.