Pues bueno, tal vez no sea la mejor solución (no lo sé, pero seguiré buscando), pero al IF para IE6, además del margen le agregué:
#menu ul li a.nivel1 {display: block!important;position: relative;}
Con esto ya puedo ver el menú con casi todo el formato que le di (faltan los colores de fondo), así que me imagino lo agregaré dentro del IF.
Gracias de nuevo y seguiré informando
