Cita:
Iniciado por wilwas 
Pero para crear otra aplicación necesitaras tener otro directorio virtual donde tengas alojada la aplicación nueva
¿Esto lo tienes asi?
Desde el IIS creé un nuevo sitio Web, que lógicamente apunta a esa carpeta. Con eso debería valer no?. si de hecho intenta entrar pero falla al ejecutar por lo de los ensamblados.