Acerca de los owners y PHPsuExec

[JJRC]

Les comento que tengo varios sitios cms (joomla, drupal, wordpress, etc) corriendo en mi VPS. He notado que algunos directorios y archivos tienen como propietario (owner) nobody nobody en vez del user user o lo que corresponda. Por este motivo no puedo editar archivos desde mi cliente FTP.
Consultando a mi proveedor de hosting me dijo algo que no llegué a comprender muy bien relacionado con PHPsuExec.
Me dice que PHP actualmente se ejecuta como módulo de apache y que para hacer lo que necesito requiero que se ejecute un PHPsuExec o algo así.
¿Qué sugieren Uds.?¿Cuál es la configuración óptima para esto? No quisiera tener riesgos de seguridad. Simplemente quiero que las cosas funcionen correctamente ya que intenté desinstalar un par de extensiones de joomla y no me deja porque no hay permisos para remover ciertos archivos que estan como nobody nobody.
Saludos,