Ese texto "<!--[endif]-->" es el final que se utiliza para los hacks o comentarios condicionales para ie, esto es, que el resto de los navegadores ignoran (lo ven como un comentario al código) pero ie interpreta.
Esta es la estructura:
Cita: <!--[if IE 6]>
[Aquí va el código]
<![endif]-->
Lo que me hace pensar es que se haya perdido el inicio o el código propio para ie y por eso sólo ves esa cadena.
Un saludo