Sí tendría un efecto, aunque sería algo muy excepcional, pues si yo escribo en la URL pagina.php?variable=
Per%25FA el imprimirlo con $_GET me daría
Per%FA, que es lo que exactamente quiero propagar, y si eso lo decodifico tendría
Perú, lo cuál ya sería incorrecto. En algunas ocasiones puede ser necesario pasar el caracter % como parte de una cadena, y si a esa cadena decodificada se la vuelve a decodificar, este caracter con los dos siguentes podrían ser confundidos y reemplazados por X caracter.
Si yo coloco en un campo de texto de un formulario con método GET:
25%100=20, en la URL me aparece algo como
25%25100%3D20, osea hay dos entidades, una que representa al % y otra al =. Si eso lo recibo por $_GET obtengo la cadena original, y si lo re-decodifico obtengo
250=20, osea %10 es tomado como una entidad y cambiado, cuando en realidad no lo es.
En fin, después de todo parece ser que efectivamente ese es un comportamiento natural y constante al usar $_GET. Gracias por sus respuestas.