Mas que con un programa podrias crear un script en PHP para copiar el archivo a las carpetas.
Por ejemplo:
Código PHP:
$carpetas = {sitio1, sitio2, sitio3,sitio4};
$archivo = "archivo.ext";
for($i = 0 ; i<=4 ; i++){
copy($archivo, $carpetas[0] . $archivo);
}
Mas o menos así, podrías copiar el mismo archivo automáticamente.