No entiendo, si tienes que hacerlo en modo comando porque quieres entrar en modo grafico?
Haces un pg_dump en windows:
http://www.postgresql.org/docs/8.3/i...pp-pgdump.html
Copias el backup a tu linux.
Haces el pg_restore en tu debian:
http://www.postgresql.org/docs/8.3/i...pgrestore.html
Si no te sale algo, di que has hecho, que te falla, etc.
Salu2