lo primero que se me ocurre es
haces dos clases igualitas a excepcion de background-color. luego:
Código PHP:
if($i%2 != 0){
$clase = "clase1";
}else{
$clase = "clase2";
}
html...
Código HTML:
<tr class="<?=$clase;?>">
<td>
contenido
</td>
</tr>
o algo asi... que te digan los expertos...