Tanto para una u otra opción empieza hacer tu aplicación que haga esa taréa de mantencion de tu base de datos o lo que necesites ejecutar .. tal cual lo harias si lo ejecutas cuando lo llames ...
Como te decia .. ya que el proceso luego va a quedar digamos "residende" y se va a ejecutar a intervalos automaticamente sin intervencion de ningun "humano" .. es recomendable que si quieres dar alguna información tipo ".. hora tal se ejectuo .. todo fue bien" .. o "hora tal .. se ejectó . .fallo en tal sitio o no se pudo hacer tal cosa" .. Ese tipo de mensajes . grabalos en un fichero de texto plano (ya sabes fwrite() .. etc) a modo de "log" .. para luego de vez en cuando editarlo para ver que todo funcione correctamente.
Si quieres .. para desarrllo de tu aplicación usa "echo" y manda los mensaje que necesites .. pero para cuando la aplicación funcion correctametne . quitalos y solo deja trabajar a tu generador de log ..
Te recomiend que leas el capítulo de PHP sobre tratamiendo de ficheros .. ahí veras funciones para leer un directorio los ficheros q contenga . .tanto su nombre como otras porpiedades como puede ser la de fecha de creación (te será util para borrar por ese criterio) ...
http://us.php.net/manual/en/ref.filesystem.php
Un saludo,