Eso es porque ya has enviado una salida al navegador (ese javascript) y el header() ya no puede hacer lo suyo.
Lo que podrías hacer es meter el header() dentro del else, para que se ejecute únicamente cuanso $profesor es distinto de 0, y en la parte del javascript agregarle una redirección mediante javascript. Algo como:
Código:
window.alert("No ha seleccionado ningún profesor. El registro no ha sido guardado.");
window.location.href="fotocopias.php";
De esa forma redireccionará al presionar OK en el cuadro de diálogo.
Saludos.