eso lo cambias en la hoja de estilo (CSS) del menú. Dependiendo si es vertical u horizontal se llama 'SpryMenuBarHorizontal.css' o 'SpryMenuBarHorizontal.css'.
busca la linea que dice:
Código css:
Ver originalul.MenuBarHorizontal a:hover, ul.MenuBarHorizontal a:focus
{
background-color: #33C;
color: #FFF;
}
y cambia el color donde dice 'background-color:'
Si quieres cambiar el color de los sub-menús sólo cambia el color '#33C' por el color que quieras.